アグニム
悪のボス、司祭。よそのゲームに来て勝手に冒険をするマリオとヨッシーに腹を立て、強力なビームで2人を攻撃するが、ルイージのキノコを受けたマリオの「マスターキノコソード」の一撃に敗れた。
スーパーマリオUSA編
『月刊コロコロコミック』でクッパ城の途中から連載。数話前からキャサリンなどが登場している。最後のマムーの戦いでは痺れを切らしてクッパが城ごと乗り込んで登場し、最終的にはスーパーマリオワールド編とあわせて終了した。
マムーと手下たち
マムー
夢の国サブコンを乗っ取った張本人。なぜか関西弁で喋る。最終戦では脱皮（漫画オリジナル設定）し、倒された各ステージボスの力を得てマリオ達を圧倒、一度は倒されるもアンドルフのような形態で、メカ要塞となって再度復活。しかしチビヨッシーらに食べられ、とどめにヨッシーに全部食われてしまう（その後も何度かオマケなどに登場）。
ドドリゲス
「でゲス」が口癖のカラスのような敵キャラ。マムーの命令により、マリオ達をマリオワールドからサブコンの世界に連れて来た張本人。原作同様、飛ぶことが出来ない。マムーといることが多く、ツッコミなどもしている。一発でマリオに倒された。マリオとワリオ編で再登場し、ヨッシーに七面鳥がわりに焼かれてしまった。
ヘイホー
マムーの手下。終盤ではゼルダの伝説 夢をみる島に出演に行ってしまった。クッパ側にいるヘイホーとは無関係。
ムーチョ
マムーの手下。ガスマスクのような口から悪夢の弾を発射する。彼らの仲間であるキャサリンを平気で見捨てた（キャサリンはマリオたちの手助けをしていたため）。
ガラゲーロ
砂漠ステージに生息する蛇。その一匹は自動販売機に変装してマリオたちを流砂にはめようとしたがキャサリンに正体を暴かれ、ヨッシーに食べられてしまった。残りはマリオ達を攻撃、マリオをツボの中に叩き込むが、そのツボに隠していたPOWを発見され、それによってみんな倒されてしまう。
スパック
マムー城周辺ステージに動き回っている電撃を放つ生命体。その一体はヨッシーにより、能力をコピーされた。
ガプチョ
砂漠ステージのボス。三つの頭を持つ大蛇で、必殺技は蛇動拳（「ストリートファイターII」の「波動拳」のパロディと思われる）三つの頭にそれぞれ別の意識があり、リーダー（中央）・ボケ（右）・ツッコミ（左）という役どころの漫才トリオになっている。左右の頭が噛まれると中央の頭が痛がる。ボケと言われると激怒する。
ドン・チュルゲ
サングラスをかけた、ねずみを模したキャラ。キャサリンやマリオ達からは「ドンチュー」と呼ばれているが、彼はその呼ばれ方を嫌っている。いたるところに出現し、マリオたちを苦しめる。武器は爆弾。かしわもち爆弾でキャサリンをこなごなに吹き飛ばしたため、ヨッシーの怒りをかい、ヨッシーのクッキー攻撃によって倒された。
ヒーボーボー
名前の通り、全身炎のキャラ。W-4のボスだが、W-3でマリオたちと対峙。最後はキノピオたちの加勢で、鎮火される。
チョッキー
カニを模したキャラ。マムー城内でマリオたちと対峙。一時はブーメランのように伸ばしたハートによってハサミと足を切断され追い詰められるも、ポリゴンの正体を明かし優勢にたつが、強度があまりにも無いため（マムーがのりでくっつけていたため）、あっさり敗れた。その後、レッドロブスターに売られる。
ただみま まおい プロト 光の子 クロスス マンドゥク パロア 変革生活 ポケット コバンソ レスク 白い花 めんこ シュズ モンス ゼルス リュウ カイヤ ハマヒ フォーク ダイア モダリティ いきこう ジアル セーブル フロー ぴかいち さんめし しぎやき オーバ ナビ本陣 海のミネ ナビ朱鳥 NO１里芋 たきかわ にしめ ゾンデ ミストレス マート キシロース オルゴール ディーラム フライ カスタード ツリー 十三夜 フアラ くまざさ ノット クォーツ